Органическое загрязнение подземных вод встречается редко, особенно в глубоких скважинах, благодаря недостаточной концентрации кислорода. Тем не менее, в мелководных источниках глубиной до 10 метров такая проблема вполне вероятна. Воды неглубоких скважин подвержены влиянию гумусовых почв, откуда поступает органика. Помимо этого, дождевые и поверхностные стоки могут приносить дополнительные загрязнения. Вода из глубоких скважин защищена водоупорами, однако нарушения в структуре грунта (например, вызванные антропогенными факторами) могут привести к проникновению органических веществ из верхних слоев почвы или соседствующих территорий, где сбрасываются бытовые отходы.
Для удаления органики применяются методы комплексной фильтрации и дозирование коагулирующих реагентов.