Физические методы включают кавитацию, воздействие электрическим током, гамма-излучение или рентгеновское излучение, а также обработку ультрафиолетовыми лучами.
Химическая очистка подразумевает использование веществ вроде перекиси водорода, марганцовки, ионов серебра и меди, брома, йода, хлора или озона, которые уничтожают бактерии при правильной дозировке. Однако в реальной жизни чаще всего применяются три способа: хлорирование, озонирование и обработка ультрафиолетом. Это связано с тем, что другие методы либо недостаточно изучены, либо дороги в реализации и обслуживании, либо имеют нежелательные последствия. Выбор конкретного метода зависит от санитарных норм, условий эксплуатации и экономической целесообразности.